采摘水芹菜注意观察环境，以保证卫生为上。清明踏青也是一个采摘野菜的好时节，水芹菜当然也在此列。一般情况下水芹菜有两种，一种是真正自己长在野外的货真价实的野芹菜，另外一种是经过人工移植栽种的人工野芹菜，超市或者菜场里买到的通常是第二种。但是如果真要自己带着工具去郊外收割，观察野菜的生长环境很重要。
如果水芹菜生长的地方周围有化工厂、污水处理厂之类的设施，应当考虑水芹菜可能受到水污染，含有较多重金属离子及有毒有害成分，这样的水芹菜尽量采，以免对健康安全造成损伤。另外，如果采的是长在安全环境的水芹菜，为卫生安全计，无论是生吃还是熟吃，都应当先焯烫一下，以去掉附着于其上的细菌、病毒、污染物质等可能对健康造成危害的成分。
