纳兰也对惠妃的现状深感不安，纳兰思虑再三决定连夜进宫，向皇上报告实情，却被明珠拦下，明珠要纳兰看准时机，适当提醒皇上。
纳兰也说出自己担心惠妃被旁人所害的担忧，康熙不以为然，惠妃突然即将临盆，康熙赶到储秀宫探望惠妃，惠妃的身体极其虚弱。纳兰放心不下惠妃，秘密潜到储秀宫探望惠妃，提醒她一定要提防，惠妃答应。
皇后和惠妃几乎同时生产，皇后顺利生下一个男孩，而惠妃却因找不到产婆险些丧命，虽然纳兰拼死相帮，但是惠妃却产下一个死婴。康熙大惊，康熙觉得其中一定另有原因。命令曹寅一定要追查此事。
索额图早已先下手，杀了知情的王太医，毁掉了证据，于是虽然曹寅查究下来，却没有任何的蛛丝马迹，康熙得知后陷入沉思……
纳兰觉得惠妃的孩子死的很是蹊跷，于是决定一定要进宫面见康熙，宫中康熙通过曹寅的调查也发现惠妃孩子的死一定背后另有隐情，震怒的康熙开始怀疑任何人，甚至是纳兰，幸亏端敏为纳兰辩解，康熙才觉得自己冤枉了纳兰，于是授权纳兰全权调查惠妃孩子死因一事。
纳兰从王太医被杀的现场已经发现了事情一定另有隐情……
康熙秘史第30集剧情介绍赫舍里因为感到愧对惠妃，心绪烦乱，而且随着纳兰和曹寅的调查，索额图感到事情很有可能被调查清楚，索额图感到万分紧张。
索额图很是担心皇后赫舍里会把实情告诉康熙，此时皇后的心里也是犹豫不决，良心和善良让她不能安心，就在这个时候，太皇太后见到皇后赫舍里，她告诉赫舍里皇家宫廷就是这样，为了大清朝的江山，并不是说了实话就会有好的结果……
赫舍里听了，明白了太皇太后的良苦用心，作为大清朝的皇后，她决定把自己知道的事情全部忘掉…… 太皇太后暗示明珠和纳兰，不要再调查下去了，因为即使得到了真相，被毁伤的只有大清朝，明珠和纳兰也明白了太皇太后的良苦用心。然而，宫内众亲王却不肯善罢甘休，一定要继续调查下去，纳兰父子陷入两难。
惠妃醒来，神情恍惚，康熙非常心疼，决定还是要追查下去，但是纳兰告诉他自己的苦衷，以及太皇太后的意思，这让康熙陷入两难。
康熙看着皇后赫舍里和刚出生的孩子，又看着悲痛欲绝的惠妃，康熙痛苦的决定为了大清的江山，放弃调查。康熙毅然决定放弃调查，并且加封皇后赫舍里的索家和惠妃的纳兰家，就这样一场会撼动大清王朝根基的灾难风平浪静了。众人感叹康熙已经长大成人，而只有康熙和纳兰性德明白，一切只是为了大清王朝能够繁荣昌盛而做出的必然牺牲……
福全向康熙请命，要亲自带兵去铲灭三藩，帮助康熙实现一统。康熙大喜，自觉天下一统的时机已到。
康熙秘史第31集剧情介绍此时的福全却是另有打算，他梦想着自己如果能够平定三藩，自己就能名正言顺把青格儿娶进门，然而此时青格儿却一心想着大牢中的养父鳌拜，初此之外早已心如死灰……
端敏去求太皇太后要把青格儿嫁给福全，太皇太后不答应，端敏只得作罢，太皇太后觉得一定要尽快把青格儿嫁出去，免得再有祸端……
端敏又去求康熙把青格儿嫁给福全，话不投机，康熙大怒，大骂端敏没有规矩，端敏含泪而去。
康熙偶然间见到郁郁寡欢的青格儿，青格儿冷漠让康熙感到愤懑难平，康熙为了证明自己是一个仁爱之君，于是找到太皇太后要太皇太后把青格儿嫁给福全，太皇太后震怒，严厉地斥责了康熙的莽撞，她要康熙一定要为大清的江山社稷为本，康熙为自己的行为后悔不已，太皇太后决定为了能够顺利平定三藩，要把青格儿远嫁，让三藩自己分崩离析……
要远嫁的青格儿事，终于被福全得知了，福全终于不能再忍受，与康熙长久以来的积怨终于爆发，两兄弟剑拔弩张，就在这个兄弟即将相残的时刻，太皇太后怒斥自己两个孙子，用自己的威严和大清江山的社稷，震慑住了两个年轻气盛的少年人……
康熙和福全找来纳兰，希望纳兰能够出主意，留住青格儿，三人都在思量如何是好，却一时找不出好办法，就在这时，传来消息，鳌拜已经病入膏肓……
康熙、纳兰、福全三人前来探望鳌拜，并且征询鳌拜对于平藩的意见，其中福全恳求鳌拜能够想办法留住青格儿，鳌拜决定虽然病体虚弱，却仍然头脑清晰。鳌拜最后告诉康熙，自己虽然命不久矣，但是却不嫉恨康熙，而且认为自己现在做的事情是无比正确的，为了大清江山，鳌拜请求康熙第一不要为自己翻案，第二不要让青格儿留在自己身边，康熙为鳌拜的深明大义所感动，含泪答应……
太皇太后找到青格儿，把自己希望青格儿远嫁的意思告诉了青格儿，青格儿思索再三，终于还是答应了。
康熙秘史第32集剧情介绍康熙、福全、纳兰、曹寅四个人畅饮，酒醉之后，各自说出心里话，面对江山社稷和心爱的女人，他们还都尚嫌稚嫩，酒醉之中，康熙要为纳兰和青格儿赐婚，纳兰不知所措……
纳兰听了康熙的话，铁了心要迎娶青格儿，然而第二日，康熙酒醒之后，觉得自己说错了话，身为皇帝又不能收回，他知道如果青格儿嫁给纳兰，朝中必然会大乱，现在要挽回，希望全部都在青格儿身上了。
然而此时的青格儿却心意已决，她知道只有远嫁才是自己真正的归宿，她向纳兰辞别，并且说自己不能嫁给纳兰，纳兰不解痛苦异常，此时太皇太后也出面，给纳兰另订了一门婚事，纳兰决定冒着杀头的危险抗旨，然而看到太皇太后的坚决和青格儿的坚持，纳兰纵然百般的不情愿，却最终没有了办法，含泪和青格儿惜别……
纳兰无奈只得决定迎娶卢蕊，与此同时青格儿也准备离开京城，远嫁而去。
