战斗开始之后，虎旗军不是对手，王怀远只好让伤员先撤，撤退过程中王涌泉走散，大部分伤员被刘炳才跟刁四抓住带走。就在银杏、田麦穗和王百会等人就要被伪军抓住的时候，赵化民带着游击队及时赶到，救了他们。而走散的王涌泉也被宋文清救下，王涌泉自此跟随宋文清左右。
王怀远跟佐藤俊二谈判，佐藤俊二要求王怀远的虎旗军归附佐藤俊二，王怀远假意答应，但是提出三个苛刻条件，不接受皇协军番号等，让日军补充虎旗军战斗中的损失，在王怀远集结完人手之后再投诚。佐藤俊二坚决不答应，但是不想就这么放走王怀远，于是他从虎旗军伤员里挑出三个骨折的，让王怀远在一炷香之内给他们接骨，王怀远不畏惧的顺利完成，让佐藤俊二佩服不已。佐藤俊二暂时答应王怀远的要求，半个月之内王怀远投诚，但佐藤还是没有归还虎旗军伤员。
回去后王怀远让谷子侯七把放信件的药丸吞服，然后分别送去给赵化民的游击队和宋文清的国民军教导团。宋文清坚决不合作，甚至把侯七抓了起来，王涌泉放走了侯七。满天红帮助虫草躲过日本人的盘查，顺利将虎旗军需要的药品从药房买到。而赵化民一接到消息，就派田麦穗跟着谷子回去与王怀远取得联络，银杏也跟着他们一起回了卧龙山。侯七见到银杏非常高兴，但是银杏却爱搭不理。
神医将军分集剧情介绍 第二十五集田麦穗告诉王怀远，赵化民想跟他联手一起拿下金水城，王怀远答应配合，但是虎旗军合并到游击队的事儿，王怀远还没完全答应。丁五和王怀远商量，他和满天红在金水城里做内应，随时打探日本人的动向。同时王怀远给了丁五一封密信，交代他如果自己遇到不测再打开。
侯七跟刁四抱怨说王怀远不把他的小姨子银杏许配给自己，刁四趁机拉拢侯七当自己在虎旗军的内奸，为了能跟银杏成亲侯七最终答应。回去后侯七酒后乱性，非礼银杏，被王怀远惩罚，侯七带着伤投奔刁四，为了赢得佐藤的信任，侯七在虎旗军的饭菜里下药，王怀远等一干虎旗军的人都被日军俘虏，侯七掳走银杏强迫她跟自己成亲才考虑不杀王怀远，银杏被迫答应。
虫草找到赵化民跟田麦穗，第一时间把王怀远被俘的消息告诉了赵化民。
佐藤俊二要挟王怀远交出《火器医鉴》，王怀远坚决不交，遭遇日本跟南京政府交战，佐藤俊二被紧急调走，田德贵总揽大权。田德贵准备瞒着佐藤俊二杀了王怀远。
侯七加入皇协军之后，急着迎娶银杏，在金水城买了一座宅子，邀请田德贵跟刁四等人都去参加。丁五跟满天红得知侯七叛变，非常生气，但是满天红决定不要惹怒侯七，免得侯七跟刁四告密，而是让丁五主动讨好侯七，说在侯七婚礼上，他跟满天红会到场唱戏助兴，侯七自然欢迎。
神医将军分集剧情介绍 第二十六集虫草跟半路逃出的大片刀乔装潜入到金水城，求助满天知道了他们关押的位置，几人商量对策准备一起搭救王怀远。丁五打开密信之后，找到赵化民和游击队，赵化民已经在金水城外围埋伏好了。等着到时丁五他们一打响就冲进城内。
婚礼上，丁五跟满天红在台上唱戏。虫草跟大片刀带着虎旗军的几个人摸到监狱后面，开始紧张的凿墙。大片刀一拳轰开已经松动的墙壁，闯进监狱，却看到侯七也在，正要收拾侯七，才发现原来侯七在酒肉里下了毒，他也是来救王怀远的。原来这是王怀远跟侯七的计谋，以自己做诱饵深入敌人老巢。赵化民也接到信号开始攻城，里应外合，众人一起参加战斗。
刁四得知之后，赶到现场，救下田德贵，正准备离开时，赵化民已经带着游击队冲进城内，刁四带着田德贵奋力冲出重围。
佐藤俊二回到金水城看到战败的情况非常气愤，让刁四将功折罪。
银杏知道自己错怪了侯七，与他冰释前嫌。侯七跟银杏表白，银杏内心欢喜，但是还是不敢答应侯七的求爱。
拿下金水城之后，赵化民希望王怀远等带着虎旗军尽快撤出城，但是王怀远坚决不答应，结果土匪出身的虎旗军，出了很多问题，先是跟游击队抢战利品，然后买东西不用当地认可的钱，强抢民女，讹诈商户等严重违纪现象，王怀远深表心痛，亲手杀了奸污民女的兄弟，然后自责的将自己吊起，以示军纪。
神医将军分集剧情介绍 第二十七集王怀远带着虎旗军离开了金水城，在赵化民的劝慰下，耐下心慢慢的改造虎旗军。虎旗军正式加入到游击队，与原卧龙山游击队组成卧龙山游击支队。但是一直都存在着矛盾，虎旗军的懒散，易怒，无组织无纪律等，都让游击队的人看不惯。侯七等人也自视武艺高强看不上游击队。
国共合作期间，宋文清也暗度陈仓，偷袭出来寻找食物的谷子跟大片刀等人，还抢了虎旗军的战利品。王怀远非常气愤，不顾田麦穗和赵化民的反对，执意进攻了宋文清的队伍，宋文清跑掉了大片刀杀了一位国民党副团长。战斗中，虎旗军俘虏了王涌泉，王怀远看到儿子跟了敌人，异常气愤又难过，但是又无可奈何，众人都劝王涌泉回头，但是王涌泉已经认定要跟着宋文清说国军才是正规军，侯七不忍王涌泉受罪，偷偷的放了王涌泉。
虎旗军跟游击队因为这次偷袭彻底闹翻，他也不满上级对他的处分，带着虎旗军独自离开了。而马上，赵化民就得到消息，佐藤俊二已经开始了疯狂的扫荡，主要的目标就是王怀远的虎旗军。佐藤俊二跟田德贵要围攻王怀远跟虎旗军，把虎旗军围困在断虎峡，刁四去找宋文清，让他从后面断了王怀远的后路，宋文清答应。
王怀远带着队伍赶路，田麦穗不放心王怀远，一路追来，希望劝回他们，但是王怀远执意不回，因为不熟悉地形，侯七找来一个当地老乡当向导，殊不知这个老乡就是田德贵派去的特务，特务将虎旗军引入断虎峡，谷子与丁五接头带消息赶来，王怀远才猛然醒悟，让田麦穗跟谷子前往小刘庄保护伤员跟家眷，虎旗军在断虎峡跟田德贵苦战，派侯七向国民党军队请求援助。
刁四带人到小刘庄抓虎旗军的伤员跟家眷，长大牙带着银杏跟小芹菜逃走时，刁四已经围住村子，众人暂时躲在地窖内，但是刁四为了逼出他们，残忍的杀害村民，强奸妇女，还杀死了小芹菜的爹张疙瘩。
神医将军分集剧情介绍 第二十八集常大牙不甘忍辱偷生，挺身而出，英勇牺牲。刁四残忍的杀害了不肯供出游击队的乡亲们。
侯七在不但没有请来国民党部队的援兵，还碰了一鼻子灰，回去的路上碰见了赵化民，告知了虎旗军的危险处境。
虎旗军被围困在断虎峡，没粮没水，赵化民带着游击队在断崖顶上下绳索，救出王怀远跟虎旗军，王怀远非常感激。同时，认清了国民党跟共产党的不同，安心归附共产党抗日。收编为鲁南军区卧龙山军分区独立大队，王怀远任二大队长，但是他极其不满居功自傲的一大队长廖廷荣，几次与他起冲突。侯七、虫草和大片刀极为厌恶廖廷荣，也不满游击队艰苦的伙食，想要杀了廖的狼狗吃，王怀远虽然知道，但是没有制止。
侯七等人就要杀狼狗时，廖廷荣及时赶到，抓着他们去找王怀远问责，王怀远狡辩，赵化民也有意偏袒王怀远，廖非常不满。田麦穗身为教导员也及时的提出二大队人的一些纪律问题。
通过田麦穗的帮助银杏参加了医疗队，但是面对侯七的求爱，因为自己的经历银杏再次拒绝。
王怀远跟廖廷荣进行一场立功竞赛，看谁先拿下据点。
