一家大医院收治了一个染上流行性出血热的陆处长，陆处长伴有汉坦病毒肺综合症。这种可通过呼吸道传染的出血热在我国很少见，陈思源通过国际卫生组织了解到，在俄罗斯靠近中国边境的一个小城里正有汉坦病毒肺综合症疫情，与陆处长同出一源。
当陈思源问陆处长最近有没有出国时，他予以否认。陆续又有病毒肺出血热病例报告，都是政府官员，通过查看这些人的护照，发现他们都有十几次到几十次来往出中俄的出入境记录。最近他们都是跟陆处长同时间到过俄罗斯。
徐葳葳通过国外网站发现，这个小城以赌博、特别是吸引中国人赌博而闻名。陆处长不得不对陈思源坦白了他拿着国家经费去豪赌的事实，那几个得病的官员也在赌博之列。
病案追踪第29集剧情介绍化学系主任邹力杉的妻子和女儿都因得了不明原因的剧烈腹痛送进医院抢救。医生排除了急性阑尾炎、痛经等疾病，CDC小组也排除了包括沙门氏菌、O—157病毒、阿米巴病毒、钩端螺旋体、传染性肝炎、甚至SARS病毒等感染。
不久两个人的症状慢慢消失，而邹力杉又病了，症状比他的妻女更重。通过调查化验，林涵发现了一种从没见过的化学毒物，这种毒物的化学合成实验相当复杂、高深，不是一般从事化学研究人员能做得出。到底是一个什么样的化学怪人制造出了这种毒物，为什么偏偏对邹力杉一家人下毒呢。
病案追踪第30集剧情介绍(大结局)鱼城地区出现了一种怪病，已经导致30多人神秘死亡。高安区长谭向东是方主任的儿时好友，为了保住他的政绩，他希望陈思源来调查这种所谓的怪病，并为他出示不是传染病的证明。
陈思源到了鱼城后，听到了城里有一种传闻，怪病是雨天不传晴天传。怪病的发作症状很像是钩端螺旋体病，水样和老鼠体内也发现了钩端螺旋体，但此病又常常是晴天不传雨天传。
那么陈思源到底会不会听任谭区长的摆布，而他面对的怪病到底是一种新发传染病，还是人为制造的投毒事件，CDC小组通过缜密的调查，终于得出了确定的答案。
