明洪武二十四年(1391年)，朝廷再命蓝玉统领兰州、庄浪等七卫兵，追讨逃寇祁者孙，于是攻取西番罕东之地，当地首领哈昝等逃遁。时逢建昌指挥使月鲁帖木儿反叛，蓝玉又奉命率军征讨，当蓝玉率军赶到时，都指挥瞿能等已大破其众，月鲁逃往柏兴州。蓝玉乃派百户毛海诱捕月鲁父子，送往京城处死，又尽降其众。因此请求增设屯卫，太祖下诏许可。蓝玉复请征当地百姓为兵，讨伐朵甘、百夷，朱元璋下诏不许，蓝玉才班师回朝。
中山、开平二王死后，蓝玉多次统领大军，也多次立功，朱元璋对其优礼有加。蓝玉便日渐恣意骄横，蓄养了许多庄奴、义子，乘势横行霸道。蓝玉曾强占东昌民田，被御史查问，蓝玉大怒，将御史赶走。蓝玉北征南返时，夜抵喜峰关，守关官吏没能及时开门接纳，蓝玉便纵兵毁关，破门而入，皇帝闻知，很不高兴。
又有人说他与元主的妃子有私，致使元妃羞愧自杀，皇帝为此切责蓝玉。当初，朱元璋本欲封蓝玉为梁国公，因蓝玉有这些过失，便将梁字改为凉，并命人将这些过失刻在世袭的凭证上。蓝玉犹不改过，侍奉皇上酒宴时口出傲语，军中将校升降进退，大权操于他一人，朱元璋多次责备他。蓝玉西征返回后，被封为太子太傅，蓝玉不愿位居宋、颍两公之下，说：“我难道不能做太师吗!”朱皇帝闻此，杀心大动。此后上奏言事，朱元璋大多不采纳他的建议，蓝玉越发怏怏不乐。
轶事典故明洪武二十六年(1393年)，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，下狱鞫讯后，狱词称同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟定乘朱元璋藉田时发动叛乱。
正在巩固和加强中央集权的朱元璋深感不安，以谋反罪将其逮捕下狱，并被剥皮实草，抄家，灭三族，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约一万五千人。为警诫群臣，朱元璋手诏布告天下，并条例爰书(中国古代的一种司法文书。)为《逆臣录》。史称“蓝玉案”。
